光流體微通道反應器由以下結構和系統組成：

反應流道：微通道反應器的流道刻在特定的板材上，所以也被稱之為板式微通道反應器，流道是整個反應器最核心的部分，一臺微通道反應器可以有多塊反應板多條流道。

導熱油路：微通道反應器的控溫方式是在反應板的兩側加控溫導熱油路板，這種2面換熱加1層反應的結構，可以做到準確控溫的和高效換熱。反應板加上控導熱油路，就構成了一個反應單元，通常情況下一臺微通道反應器可以配置多個反應單元。

外部框架：外部框架是為了固定和保護反應單元，方便設備的運輸和使用，其主要由框架和擋板組成，當放大到中試化或產業化生產時，需要考慮到框架內部的溫度平衡，可以額外設置風冷/水冷循環系統或是高低溫一體控溫裝置。